Сцена, показывающая убийство Волан-де-Мортом родителей Гарри, была написана лично Дж. К. Роулинг, поскольку только ей одной было известно, что в точности произошло тогда.
Один из вариантов сценария фильма предполагал камео для Дрю Бэрримор, провозгласившей себя большой поклонницей книг о Гарри Поттере.
В качестве совы Гарри Поттера Букли были задействованы сразу три совы Оок, Гизмо и Спраут.
Фильм известен как «Гарри Поттер и философский камень» во всём мире, кроме США. В североамериканском прокате название было изменено на «Гарри Поттер и колдовской камень». По этой причине все сцены, в которых упоминается философский камень, были сняты дважды: в одном случае актёры произносят философский камень, а в другом колдовской камень. Такое же разграничение касается и одноименной игры, основанной на фильме. Это вызвано тем, что к моменту создания фильма и игры в США уже вышла книга с другим названием, так как издатель посчитал, что дети не будут читать книгу со словом «философский» в названии.
В одной из сцен фильма, когда Гарри, Рон и Гермиона подходят к хижине Хагрида, он играет на самодельной дудочке. В этот момент он играет тему Букли («Hedwig’s Theme») из саундтрэка фильма.
В качестве Хогвартского экспресса в этом и последующих фильмах был использован паровоз GWR 4900 Class 5972 Olton Hall, принадлежавший когда-то британской компании Great Western Railway и построенный в 1937 году. С 2004 года частный туристический оператор Beyond Boundaries Travel организует на нём туры по Британии исключительно для фанатов Гарри Поттера.
На Кубке Квиддича помимо имени отца Гарри в числе прочих также выгравированы имена М. МакГонаголл и Р. Дж. Х. Кинг. Второй персонаж получил свое имя в честь Джона Кинга, отвечавшего за производство и использование декораций в проекте.
В Трофейной комнате, справа от Кубка Квиддича можно увидеть награду «за особые заслуги перед школой». При этом видна часть имени Тома М. Реддла, выгравированного на ней.
Среди портретов на исчезающей лестнице можно заметить картину с изображением английской королевы Анны Болейн, второй жены короля Генриха VIII и матери Елизаветы I. Многие современники Анны Болейн полагали, что она ведьма.
Использованная при съемках полосатая кошка пропала без следа и была найдена после усиленных поисков только через два дня.
Волшебные шахматы, в которые играют Гарри и Рон были созданы на основе шахмат с острова Льюис, самых известных шахматных фигур в мире, найденных в песке на пляже острова Льюис, Гебридские острова и датируемых XII-м веком.
По книге ученики школы отправляются в Хогвартс с невидимой обычному взгляду платформы 9 ¾ на вокзале Кингс-Кросс, попасть на которую можно через барьер между платформами 9 и 10. Однако оказалось, что на вокзале Кингс-Кросс платформы 9 и 10 находятся не в главном здании, а в отдельном строении и их разделяет не барьер, а две железнодорожные колеи. В одном из интервью Дж. К. Роулинг признала свою ошибку и сказала, что перепутала лондонские вокзалы Кингс-Кросс и Юстон, хотя и на втором вокзале платформы 9 и 10 также разделены колеями, а не барьером. Для съёмок фильма были использованы платформы 4 и 5, которые находятся в главной части вокзала Кингс-Кросс и были просто на время переименованы в 9 и 10. Впоследствии на стене здания, где находятся реальные платформы 9 и 10 был помещён чугунный знак-указатель «Платформа 9 ¾», а под ним вмонтирована четверть багажной тележки, оставшаяся часть которой как бы уже исчезла в стене.
Актёр, сыгравший дежурного на вокзале Кингс-Кросс, к которому Гарри обращается за помощью, на самом деле работает служащим на британской железной дороге, правда, в другой должности — начальника поезда.
Перед выходом фильма в прокат в продажу поступила одноимённая видеоигра, созданная студией Electronic Arts и ставшая большим хитом. Американская фирма по производству игрушек Mattel Inc. стала победителем соревнования за право производство игрушек, основанных на будущем фильме. Немногим позднее такое право также получил другой промышленный гигант в этой отрасли фирма Hasbro.
Композитор Джон Уильямс написал музыкальную композицию специально для трейлера фильма. Впоследствии она вошла в саундтрэк фильма под названием «Пролог», что само по себе случается крайне редко.
Издательство обучающих книг и журналов «ДеАгостини» в 2008 году выпустила журналы «Шахматы Гарри Поттер» учащая играть в шахматы. Прототипами для созданий фигур послужили шахматные фигуры на огромной шахматной доске где столкнулись Гарри, Рон и Гермиона.
В фильме Гарри видит смерть Квиррелла, что не соответствует фильму и книге «Гарри Поттер и Кубок огня», где упоминается, что на четвертом курсе он увидел смерть человека впервые. В первой книге эпопеи эта неувязка отсутствует: в книжной версии сюжета Гарри слишком рано потерял сознание и не успел увидеть, как Квиррелл умирает.